不要なシートを非表示にすることで必要なシートのみ書き出しができました。
hExcel = actxserver('Excel.Application');
hWorkbook = hExcel.Workbooks.Open(sprintf('%s',filename));
% PDF出力しないシートを非表示にする
hExcel.ActiveWorkbook.Worksheets.Item('Sheet1').Visible = 0;
hWorkbook.ExportAsFixedFormat('xlTypePDF',output_filename);
hWorkbook.Saved = 1;
hWorkbook.Close;
delete(hExcel);
また、削除する場合はアラートをオフにしてから削除するか、ExcelをVisibleにしてダイアログを表示させることでうまく削除できました。
hExcel = actxserver('Excel.Application');
hWorkbook = hExcel.Workbooks.Open(sprintf('%s',filename));
set(hExcel,'DisplayAlerts',0); % 削除時のアラートをオフ
hExcel.Visible = 1; % シート削除の確認ダイアログを表示
hWorksheet = hWorkbook.Sheets.Item(1);
Sheets = hExcel.ActiveWorkBook.Sheets;
hExcel.ActiveWorkbook.Worksheets.Item('Sheet1').Delete;
hWorkbook.ExportAsFixedFormat('xlTypePDF',output_filename);
hWorkbook.Saved = 1;
hWorkbook.Close;
delete(hExcel);
今回はPDF書き出し不要なシートへの参照があったため、不要なシートを非表示にしました。