こんにちは
まず、予想と違う結果になる理由はtがサンプリング周波数を満たしていないからです。できたtのサンプリング周波数（周期）を確認してみてください。
xlabelはcwtでは自動で出てしまうので任意の物に設定したい場合、いったんcwt変数から出力結果を出しておいて、自分でそれを表示するのがいいかと思います。
サンプルを置いておきますね
Fs = 1; % day
t = linspace(0,365,366);
y = cos(2*pi*0.1*t); % 周波数0.1[回/day]
plot(t,y);
xlabel('Time [day]')
ylabel('Amplitude')
figure
[cfs, freq] = cwt(y,Fs);
surface(t,freq,abs(cfs));
shading flat
xlabel('Time [day]')
ylabel('Frequency [day^{-1}]')
set(gca, 'yscale', 'log')
axis tight
